Die PBS bei Eukaryoten läuft ungefähr genauso ab, wie die bei Prokaryoten, einige Unterschiede gibt es trotzdem. Auffällig ist aber bei den Eukaryoten, dass die die entstehen m-RNA länger ist, als es das zu codierende Protein verlangen würde, dass liegt daran, dass es nur ein Vorläufer der eigentlichen m-RNA ist, eine sogenannte Prä-m-RNA und vor der Translation noch umgeändert werden muss. Hier ist es so, dass nicht alle Abschnitte der RNA auch wichtige Informationen für das Protein enthalten, die die keine Informationen enthalten sind die Introns (die informationshaltigen sind die Exons), sie bestehen aus 50 bis 30.000 Nukleotiden. Allerdings werden diese Introns zu Schleifen zusammengelegt und durch Schneideenzyme entfernt, die Exons daraufhin miteinander verbunden. Diesen ganzen Vorgang nennt man das Spleißen. Bei Prokaryoten gibt es solche Introns nicht und somit auch keine Spleiß-Vorgänge.
Ein weiterer Unterschied ist die Lebensdauer der m-RNA, welche bei Eukaryoten eine weitaus größere Lebensdauer hat, als die der Prokaryoten. Denn nach der Transkription wird an das 3′-Ende der m-RNA eine 150 bis 200 lange Adenin-Nukleotid-Kette gehangen (auch Poly-A-Schwanz genannt), diese verlangsamt den enzymatischen Abbau der m-RNA deutlich. Auch am 5′-Ende gibt es eine Schutzvorrichtung, dort wird der m-RNA eine „Kappe“ aufgesetzt, diese besteht aus methyliertem Guanin.
Nach der Synthese an den Ribosomen sind viele Proteine aber noch zu verändern, ein Beispiel dafür ist Insulin. Die Präsequenz ermöglicht hier den Eintritt ins Endoplasmatische Retikulum (ER), diese wird dort entfernt, genauso wie die Pro-Sequenz. Sobald dies geschehen ist, kann das Insulin an den Insulin-Rezeptoren binden und diese stimulieren.
Zum allgemeinen Ablauf der PBS könnt ihr bei Suche: Proteinbiosynthese eingeben und zum Ablauf der PBS bei Prokaryoten: Proteinbiosynthese bei Prokaryoten.