Um den kompletten Aufbau eines Sees bzw eines stehenden Gewässers zu verstehen, muss man ihn erst einmal unterteilen können. Es wird zuerst ganz grob zwischen dem Litoral, also dem Ufer und dem Pelagial, dem Freiwasser unterschieden.
Beginnen werde ich mit der weiteren Unterteilung des Litorals. Die erste Schicht ist die Erlen- und Weidenschicht, sie ist noch relativ weit vom Wasser entfernt und die Wurzeln der Bäume sind noch vollkommen im trockenen Bereich. Die nächste Schicht nennt sich die Schilfrohrzone. Hier wächst, wie der Name schon sagt, vor allem schilfartige Pflanzen. Diese müssen den oberen Teil der Pflanze trocken haben und die Wurzeln stehen bereits im Wasser. Die vorletzte Schicht des Ufers ist die sogenannte Schwimmblattplanzenzone. In dieser Zone findet man zum Beispiel Seerosen, denn diese Art von Pflanzen brauchen lediglich die Blätter über Wasser zu halten und in den meisten Fällen somit auch die Blüten, der restliche Teil der Pflanze befindet sich vollkommen unter Wasser. Die letzte Schicht des Ufers ist die Unterwasserpflanzenzone, in dieser befinden sich nur Wasserpflanzen, die mit keinem Teil über Wasser sein müssen, somit sind sie vollkommen ’nass‘. Welchen Begriff man sich ebenfalls noch merken sollte ist das Benthal, so wird die Bodenzone genannt.
Auch das Pelagial unterteilt man in vier verschiedene Schichten. Die oberste Schicht ist die Nährschicht, auch Epilimnion genannt. Die Nährschicht enthält sehr viel Sauerstoff und ist lichtdurchflutet, somit ist sie ein Ort, an dem pflanzliches Wachstum sehr gut möglich ist und man in diesem Bereich eines stehenden Gewässers Algen oder andere Schwimmpflanzen vorfinden kann. Außerdem ist sie aufgrund der Lichtdurchflutung (natürlich nur an Tagen, an denen auch die Sonne scheint) ideal für den Ablauf der pflanzlichen Photosynthese geeignet. Durch die Photosynthese entsteht somit wiederum Sauerstoff, den zum Beispiel Fische zum Überleben brauchen oder der in die Luft freigegeben wird. Die nächste Schicht ist die Kompensations- oder auch Sprungschicht (Metalimnion). Diese gibt es nur in stehenden Gewässern, also nicht in Flüssen(!) und ist der Übergang zwischen dem Epi- und dem Hypolimnion. In dieser Schicht sinkt bzw steigt die Temperatur pro Meter um mehr als 1°C stärker, also in den anderen beiden Schichten. Die dritte und letzte Wasserschicht des Pelagials ist die Zehrschicht, das Hypolimnion. Dieses findet man ausschließlich in tieferen Seen und natürlichen in Meeren, denn wenn ein stehendes Gewässer nicht tief genug ist, kann die Temperatur nicht weit genug absinken und das Licht den See fast vollständig durchfluten. Die Zehrschicht allgemein enthält sehr wenig Sauerstoff und ‚zehrt‘ deswegen Sauerstoff aus der Nährschicht in die Tiefen des Gewässers. Dies liegt an dem wenigen Licht in dieser Tiefe und daraus folgend, dass es keine Pflanzen gibt und diese demnach dann auch keine Photosynthese betreiben können.
In der Zehrschicht wird außerdem noch organisches Material, ob tot oder lebend (Detritus) von Bakterien und Destruenten abgebaut.
Die letzte Schicht des Pelagials und die oberste des Litorals nennt man Profundal (im Pelagial auch Tiefenboden genannt). Der Übergang des Profundals, welches eigentlich lediglich das Sediment bezeichnet, liegt in der Sprungschicht. Die ‚Bewohner‘ des Sediments sind abhängig von der Lichteinstrahlung, der Temperatur, der Sauerstoffsättigung des Wassers und der Wasserbewegung.